Naisilla HPV-infektio ilmenee syylämäisinä kondyloomina (condyloma accuminata) tai oireettomina limakalvovaurioina. Kondyloomia eli visvasyyliä voi esiintyä ulkosynnyttimissä, virtsaputken suulla, emättimessä, peräaukossa ja sen ympäristössä.
Tavallisesti kondyloomia esiintyy ryppäinä useita, mutta joskus muutos voi olla yksittäinenkin. Kondyloomat ovat usein silmämääräisesti todettavissa gynekologisen tutkimuksen yhteydessä. Ulkosynnyttimien kondyloomia ei ole aina helppo erottaa normaaleista iho- ja limakalvopoimuista. Emättimen ja peräaukon kondyloomien toteaminen edellyttää suurentavaan optiikkaan perustuvaa tähystystä.
Miehillä papilloomavirukset voivat aiheuttaa sekä näkyviä että oireettomia infektioita. Kukkakaalimainen kondylooma on helppo tunnistaa. Kondyloomat voivat esiintyä myös tavallisia syyliä muistuttavina muutoksina.
Miehillä kondyloomamuutoksia tavataan esinahan ja terskan alueella, peniksen varressa sekä noin 10%:lla tartunnan saaneista virtsaputkessa. Lisäksi kondyloomia voi esiintyä peräaukossa ja sen ympärillä.