Kondyloomien paikallishoidolla pyritään poistamaan näkyvät syylät ja tehostamaan elimistön immuunijärjestelmän toimintaa. Lääkärin ohjeiden mukaiseen itsehoitoon soveltuvat podofyllotoksiini ja imikimodi. Podofyllotoksiiniliuosta (0,5 %) tai voidetta (0,15%) käytetään kolmena peräkkäisenä päivänä kahdesti vuorokaudessa. Podofyllotoksiinilla paranee 30-70%:lla potilaista täysin, mutta tauti voi uusia 50%:lla. Imikimodi (5-prosenttinen voide) on nk. biologinen vasteenmuuntaja, jonka vaikutusmekanismi perustuu immuunijärjestelmän solujen tuottamien välittäjäaineiden, niin kutsuttujen sytokiinien lisääntymiseen. Voidetta käytetään joka toinen ilta. Kondyloomien on todettu häviävän 30-50%:lla miehistä ja 60-80%:lla naisista, mutta tauti uusii 20%:lla. Paikallishoitojen sivuvaikutuksia ovat punoitus, kirvely ja kipu. Podofyllotoksiinia tai imikimodia ei saa käyttää emättimeen, kohdunnapukkaan, eikä raskauden aikana. Yksittäisten kondyloomien hoidossa kylmäkäsittely (kryohoito) tai kirurginen poisto on hyvä hoito. Uusiutumistaipumuksen johdosta hoitokertoja tarvitaan joskus useita hoidosta riippumatta. On myös syytä muistaa, että kondyloomat paranevat spontaanistikin. Hoitovasteen tehoa on syytä seurata 1-2 kertaa esim. 3 kuukauden ajan. Kondomin käyttöä suositellaan vaihtuvissa seksisuhteissa vaikka kondomi suojaa vain peittämäänsä aluetta ja estää tartunnat peittämällään alueelta. Oireeton vakituinen partneri on syytä ohjata Papa-kokeeseen tai lääkärin vastaanotolle.
HPV:n aiheuttamien limakalvovaurioiden seuranta ja hoito perustuu Papa-kokeen, kolposkopian, sekä sen yhteydessä otettujen koepalojen histopatologisen tutkimuksen perusteella tehtyyn päätökseen. Limakalvovaurio hoidetaan aina kolposkopiakontrollissa. Kaikki dysplasia (CIN) -muutokset hoidetaan. Dysplasiaa lievemmät HPV-muutokset jätetään useimmiten hoitamatta, koska valtaosa paranee spontaanisti. Sähkösilmukka soveltuu parhaiten kohdunkaulan dysplasiamuutosten hoitoon, laser taas emättimen ja ulkosynnyttimien muutosten hoitoon. Toimenpiteet tehdään paikallispuudutuksessa polikliinisesti. Poistetun kudoksen histopatologisen tutkimuksen perusteella nähdään onko koko muutosalue saatu pois. Hoidon jälkeinen systemaattinen seuranta on tärkeää, koska hoito ei välttämättä tuhoa kaikkia viruksia, joita on myös muutoksia ympäröivässä kudoksessa. Limakalvovaurio uusii esim. laserhoidon jälkeen 2-8%:ssa tapauksista. Kohdunkaulan hoidon jälkeen tehdään kolposkopia puolen vuoden kuluttua ja sen yhteydessä otetaan Papa-koe ja tarvittaessa uusi biopsia. Seuranta jatkuu ensin puolivuosittain ja sitten harvemmin